Год создания муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Вторая Новосибирская гимназия» – 1981.
Решением Исполнительного комитета городского Совета народных депутатов № 273 от 22.07.1981 года была открыта общеобразовательная школа № 68. В статусе средней общеобразовательной школы гимназия работала 15 лет – с 1981 по 1996 гг.
В 1996 году решением Коллегии Главного Управления образования Новосибирской области на базе средней школы №68 была открыта муниципальная гимназия №2.
В последующие годы также происходили изменения в названии нашего общеобразовательного учреждения.
В 2008 году муниципальная гимназия № 2 стала называться «Вторая Новосибирская гимназия».
В 2009 году в официальном названии гимназии появились слова «Муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждений».
С 1 сентября 2010 года в соответствии с приказом Главного управления образования мэрии города Новосибирска наше учреждение поменяло тип с бюджетного на автономное.